학생회장이자 진지한 성격의 여고생 사와무라 유카는 신으로부터 부여받은 마법의 힘을 이용해 마법 미소녀 전사 폰테인으로서 마을의 평화를 지키고 있었다. 어느 날, 같은 반 친구 마코에게 과학실에 초대된 유카는 그녀의 초대를 승낙한다. 그러나 마코의 아버지는 과거 연쇄살인범에게 살해당한 유명한 과학자였으며, 마코는 아버지가 시작한 실험을 비밀리에 완성해 복수를 위한 계획을 실행에 옮기고 있었다는 사실을 알게 된다. 이 진실을 알게 된 유카는 망설이지만 결국 자신을 지키기 위해 맞서 싸우기로 결심한다.