츠다 마을에서는 JSA 신입 요원들이 훈련을 받고 은퇴한 베테랑 스파이들이 교관으로 살아가고 있다. 어느 날 갑작스럽게 마을 주민들이 흔적도 없이 사라지는 사건이 발생한다. 요원 03은 이 사건을 조사하라는 임무를 받는다. 한 사람도 남아 있지 않은 버려진 마을을 걸어가던 03은 어딘가에서 어두운 기운이 감돌고 있음을 느낀다. 온천에서 땀을 씻어내고 있던 중, 그녀는 뒤에서 다가오는 검은 그림자를 발견한다. 그 정체는 사악한 닌자 일당의 습격 신호였다. 03은 일단 현장을 벗어나 위기를 모면하지만, 닌자들이 여전히 자신을 추적 중임을 알면서도 일부러 다시 모습을 드러낸다.