타치바나 루카는 과거 배틀 프린세스 스판덱서로서 젤하르트 조직을 파괴한 영웅이었다. 전투 후 그녀는 결혼해 아들을 낳고 평범한 삶을 살았다. 그러나 20년 후, 지구는 새로운 위기에 직면한다. 정체불명의 혜성이 지구와 충돌할 위기에 놓인 것이다. 이 혜성을 파괴할 열쇠는 20년 전 마지마 박사가 개발한 프로톤 파괴포에 있다. 박사의 딸은 포를 가동시키기 위한 사이버트론 장치를 필사적으로 수색하고 있지만, 그녀의 행동을 두려워한 젤하르트의 수하들이 그녀에게 공격을 개시한다. 새로운 전투가 시작되려 한다.