지구는 정체불명의 외계 적군 게밀람의 공격으로 황폐화되었으며, 인류의 생존은 이제 고작 6개월 남았다. 최후의 희망으로 인류는 우주함대 하야테를 건조하고 종족의 운명을 맡긴다. 이 결정적인 순간, 지구에서 190만 광년 떨어진 메루칸다스 왕국의 여왕으로부터 기적 같은 메시지가 도착하는데, 그 내용은 항우주 바이러스 백신과 제거 장치를 제공하겠다는 것이다. 인류는 하야테에 모든 희망을 걸고 메루칸다스로 향한다. 그러나 목적지 근처에 다다랐을 무렵, 적 게밀람의 주력 함대가 갑작스럽게 등장하며 하야테의 앞을 가로막는다. 이로써 생존을 건 절박한 사투가 시작된다.